1. Tips: Spissen på en akvarellpenn er generelt rund, mens spissen på en tusj er flat, som er delt inn i en fiber-type og en skum-type spiss.
2. Blekk: Markører er vannbaserte, oljebaserte og alkoholbaserte, mens akvarellpenner kun har én vannbasert type.
3. Fargelegging: Akvarellpenner kan ikke stable farger, men tusjer kan stable farger. Markører er lettere å farge enn akvarellpenner.
4. Bruk: Fordelen med akvarellpenn er at den har nok vann, fargen er rik og lys, og ulempen er at vannet er ujevnt, overgangen er unaturlig, og de to fargene er ikke enkle å forene sammen, så den egner seg generelt til barnemalerier, og kan også brukes som markør.
Fordelen med markøren er at vannet er ensartet, og ulempen er at fargekontrasten er svakere, men de to kan koordineres godt sammen, og kan tegne arkitektoniske gjengivelser og industrielle designgjengivelser.
